制药工程专业的毕业生在就业方向上有多种选择，主要包括以下几类岗位：

研发人员：

可以在药厂、大学、研究所的研究部门从事药物研发工作，包括新药研发、配方设计、工艺开发和优化等。

生产技术人员：

在药厂从事药品生产、技术工作，包括生产工艺的改进、技术验证等。

质检化验人员：

在药厂、食品厂、药检所从事食品药品质检化验工作，负责制定质量标准和检测方法，监控生产过程中的质量控制。

管理人员：

在药厂从事药物的生产技术管理、设备选型、工艺流程优化及生产线运营管理等工作。

营销人员：

在药厂、医药营销公司从事药品营销、内勤等工作，包括市场推广和销售。

药剂师：

在医院药剂科从事制剂、质检、临床药学等工作，在药店、医药营销公司从事药品使用指导咨询等工作。

药检人员：

在药检所从事药物的质量鉴定和制定相应的质量标准。

公司职员：

在医药贸易公司或制药企业从事药品流通及国内外贸工作。

药品监督人员：

作为公务员，在国家、省、市、县药品监督局从事食品药品质量监督等工作。

咨询师：

在各类企事业单位从事中药、化学药、生物药物的研发、生产、管理、监控、经营等工作，提供专业的咨询服务。

设备工程师：

从事制药设备的设计与开发、生产与制造、经营与服务等方面的工作。

控制工程师：

负责生产过程中的控制系统设计与优化。

反应工程师：

负责药物生产中的化学反应过程的设计与优化。

制图工程师：

负责制药工艺的图纸设计与绘制。

质量工程师：

负责产品质量保证体系的建立与维护，进行产品质量评估和验证。

分析化学家：

从事药物成分的分析与鉴定工作。

医药代表：

从事药品的市场推广和销售，薪资水平较高，但工作强度较大。

药品销售员：

负责药品的销售工作，利用专业知识获取客户信任，促进合作。

GMP认证专员：

负责制定和执行GMP认证的标准和流程，确保企业的生产过程符合国际质量管理标准。

注册事务专员：

负责药品注册申请和审批事务，与监管机构进行沟通和协调。

生产主管/工程师：

负责生产线的管理和运营，协调各个部门的工作，确保生产计划的顺利执行和产品的按时交付。

药品市场推广专员：

负责药品的市场推广和销售工作，制定市场营销策略，开展市场调研。

药品监管专员：

负责药品监管工作，包括药品生产许可证的审核和监督、药品流通环节的监管、药品安全事件的调查和处理等。

综上所述，制药工程专业的毕业生可以根据自身的兴趣和能力选择不同的岗位，就业方向广泛，既可以在制药企业、医药研究院、监管机构等企事业单位工作，也可以选择进入高校或科研院所从事教学和科研工作。