工程审计员在履行职责时面临的风险主要包括以下几个方面：

项目前期阶段风险

立项合规性风险：项目立项是否符合相关政策、规划要求，是否经过正规审批流程。若立项手续不完善，可能导致项目后续推进存在合法性问题，甚至面临被叫停的风险。

可行性研究风险：对项目可行性研究报告的真实性、科学性需重点关注。部分项目可行性研究可能存在数据不准确、分析不到位的情况，影响审计对项目整体评估的准确性。

招投标环节风险

招标程序风险：查看招标公告发布是否合规、广泛，投标单位资质审核是否严格。若招标程序存在漏洞，容易滋生围标、串标等不正当行为，破坏公平竞争环境，影响工程最终质量与造价。

招标文件风险：审核招标文件条款是否清晰、合理，特别是对工程造价、结算方式、质量要求等关键内容的规定。模糊不清的条款会在后续施工和结算阶段引发争议，增加审计工作的复杂性与难度。

合同签订与管理风险

合同条款风险：合同中关于工程价款调整、变更签证、违约责任等条款如果约定不明，双方容易在履行过程中产生分歧。例如，对于材料价格波动情况下如何调整价款没有明确约定，在材料大幅涨价时就易引发施工方与建设方的矛盾，给审计认定带来阻碍。

审计方法和手段的限制

工程项目的复杂性和多变性：由于工程项目涉及多个阶段和大量不确定因素，使得审计人员在进行审计时难以全面、准确地掌握所有信息。

审计环境的不确定性：工程项目涉及多个部门和单位，审计环境复杂多变，审计人员难以全面了解和掌握所有情况。

审计人员的专业素质和职业道德水平

专业素质风险：如果审计人员缺乏必要的专业知识和经验，可能导致审计结论失真或遗漏重要问题。

道德风险：审计人员可能存在道德风险，如收受贿赂、徇私舞弊等，影响审计结果的公正性和准确性。

审计成本投入

审计成本控制风险：审计成本的投入不足或不合理，可能影响审计的深度和广度，导致审计结果无法全面反映工程实际情况。

综上所述，工程审计员在履行职责时需要全面考虑和应对上述风险，以确保审计工作的准确性和公正性。建议审计人员在实际工作中加强项目立项、招标程序、合同管理等方面的审查，提高自身专业素质和职业道德水平，合理控制审计成本，以降低审计风险。