软件工程系的毕业生可以考取多种证书，这些证书可以根据个人的职业规划和工作需求进行选择。以下是一些建议的证书：

CSTE证书

由CSTE公司旗下的重要认证证书，在全球范围内具有较高的认可度，特别适合在互联网计算机行业从事软件测试工作的毕业生。

ISTQB证书

由ISTQB全球范围内具有权威的软件测试资质认证机构颁发，在美国、德国、英国等40多个国家内具有较高的认可度，适合在这些国家的企业从事软件测试工程师工作。

软件评测师证书

是软考中级资格证书，考取后代表具有职业资格和职称资格，适合从事软件测试工作的毕业生。

全国计算机等级考试证书

包括多个等级，涵盖计算机基础、编程、数据库等方面，适合希望提升计算机技能的毕业生。

国家计算机软件专业技术资格和水平考试证书

由国家相关机构颁发，涵盖软件开发的各个层面，适合希望获得软件工程师职业资格的毕业生。

微软认证专家考试证书

微软公司提供的MCP（Microsoft Certified Professional）系列认证，涵盖开发、数据库、网络等领域，适合希望提升微软技术能力的毕业生。

PMP（项目管理专业人士）证书

由美国项目管理协会（PMI）颁发，是全球公认的项目管理专业资格认证，适合希望从事项目管理工作的毕业生。

CISSP（注册信息系统安全专家）证书

由国际信息系统安全认证联盟（ISC）²提供，是信息安全领域的顶级证书，适合希望从事信息安全工作的毕业生。

Oracle认证专家（OCP）证书

Oracle公司提供的数据库管理和技术支持方面的专业认证，适合希望专注于数据库管理的毕业生。

Cisco认证网络工程师（CCNA/CCNP）证书

思科公司提供的网络技术方面的认证，包括网络基础、路由与交换、网络安全等方面，适合希望从事网络工作的毕业生。

ABAQUS软件工程师证书

由Dassault Systèmes公司颁发，针对ABAQUS软件的专业认证，适合希望从事工程模拟和分析工作的毕业生。

这些证书不仅能够提升个人的技能水平，也有利于就业和职业发展。建议毕业生根据自身的兴趣和职业规划，选择合适的证书进行考取。