工程付款通常遵循以下步骤和流程：

预付款流程

施工单位提交《预付款支付申请表》给预算专员。

预算办根据合同约定审核预付款，并签署申请表，然后交给财务部。

财务部再次复核后，交给总经理和董事长审批，最终由出纳安排付款。

进度款支付流程

施工单位向工程部提交进度款《工程款支付申请表》，并附上已完工程的预算书。

工程部审核当月完成的项目及相关工程量，并由工程部经理签字确认后交到预算专员。

预算专员审核已完成工程量及工程预算价，确定当月完成工程造价，并根据合同约定审批工程款，然后签字确认。

预算专员将进度款《工程款支付申请表》上交财务部审核。

财务部审核无误后，将申请表交由总经理和董事长审批。

施工单位根据审核通过的申请表中的金额开具建安发票，并将申请表及发票上交财务部。

财务部复核发票金额与申请表金额是否一致，核对无误后，交给出纳办理款项转付。

竣工结算流程

工程完工后，双方进行工程竣工结算，包括合同价款及合同价款调整内容和索赔事项。

结算完成后，施工单位提交竣工结算书，经建设单位委托至造价审计审定，确认无误后支付剩余工程款项（扣除质保金）。

建议

明确合同条款：在工程开始前，务必详细审查合同条款，明确各项付款条件、比例及时间表，以减少后期纠纷。

严格审核流程：各相关部门应严格按照流程操作，确保每一步骤都准确无误，避免因内部沟通不畅导致付款延误。

强化沟通机制：建立有效的沟通机制，确保施工单位、工程部、预算办、财务部等部门之间的信息畅通，及时解决付款过程中的问题。

保留文件记录：所有付款流程中的文件，包括申请表、预算书、发票等，都应妥善保存，以备后续审计和查询。