工程鲫和黄金鲫可以通过以下特征进行区分：
外形特征
黄金鲫：体型修长，身体呈金黄色，鳞片根部发黑，尾部金黄。黄金鲫是以散鳞镜鲤为母本、红鲫为父本通过远缘杂交获得的新品种。
工程鲫：体型较大，看起来较为肥硕，头部小，嘴部有吻突，鱼体匀称，鳞片呈金黄色，但鳞片根部不黑，尾部也呈金黄色。工程鲫是由工程院刘筠院士技术组培育出来的三倍体新鱼种。
生长速度和繁殖能力
黄金鲫：生长速度非常快，抗病和耐寒能力极强，非常容易饲养，但属于三倍体鲫鱼，不能繁育后代。
工程鲫：生长速度是普通鲫鱼的3~5倍，当年的鱼苗就可长到一斤以上，饲料利用率远高于其他鲫鱼，但同样属于三倍体鲫鱼，不能繁育后代。
食性
黄金鲫：食性类似于镜鲤，喜欢吃腥味食物和甜味食物，果香味鱼饵也喜欢吃。
工程鲫：食性和普通鲫鱼类似，夏季喜欢吃素，冬季喜欢吃腥，春季和秋季喜欢吃腥素适中的食物。
鳞片数量
黄金鲫：背部侧线上方的鳞甲数量为29片，尾部仅有一片小鳞甲，即人们常说的28片半。
工程鲫：侧线处鳞片为30或32片。
通过以上特征，可以较为准确地鉴别工程鲫和黄金鲫。黄金鲫体型修长，颜色金黄，而工程鲫体型较大，看起来较为肥硕，颜色同样金黄但鳞片根部不黑。
