工程款被法院冻结后，可以采取以下措施进行处理：
及时履行债务
如果工程款被冻结是因为存在债务纠纷，应当尽快履行相关债务，以便解除对账户的冻结。
提供担保申请解冻
可以向法院提供相当金额的担保，并申请解冻。需要向冻结法院提交申请书，法院在收到申请后应当在五日内裁定解除保全，紧急情况下必须在四十八小时内裁定解除保全。
与申请执行人协商
应尽早与申请执行人进行有效沟通和协商，解决纠纷，以便法院能够解除对相关款项的冻结。
提供完整资料
在向法院申请解冻时，建设单位应提交详细的情况说明和相关资料，包括合同履行情况、可能影响债权、债务金额的因素等，以便法院全面了解情况。
请求法院拍卖
如果可能，可以向法庭请求将被拖欠工程进行公开拍卖，确保建设工程的价款能够优先于其他债务得到清偿。
注意法律时效
申请人应当在人民法院采取保全措施后三十日内依法提起诉讼或申请仲裁，否则人民法院应当解除保全。
了解冻结原因
如果银行卡被冻结，应当了解冻结的具体原因，如法院冻结是因为被告拒不履行法院判决，则需先履行判决或其他法律文书所确定的义务，然后申请解除冻结。
通过以上措施，可以有效地处理工程款被冻结的问题，并尽可能减少对工程进度和各方权益的影响。建议尽早咨询专业律师，获取更具体的法律建议和帮助。
