为工程公司节约税款可以通过以下几种方法实现：

选择合适的纳税人身份

根据公司的业务规模和税负情况，选择一般纳税人或小规模纳税人。一般纳税人可以抵扣进项税额，而小规模纳税人税率相对较低。

优化合同签定

在签订工程劳务合同时，合理分配收入和成本，避免因合同条款不合理而增加税负。例如，将部分收入分到税率较低的业务里，从而降低总体税负。

利用税收优惠政策

了解并利用国家和地方政府对工程劳务行业的税收优惠政策，如高新技术企业可以享受企业所得税减免，特定行业可能提供增值税返还等优惠。

合理安排收入确认时间

通过合理安排收入确认时间，可以为企业争取资金周转时间，并延迟缴纳所得税，从而减轻现金流压力。

灵活运用劳务派遣

通过合法合规的劳务派遣模式，有效降低社保支出，减轻企业整体税务负担。

合理开具增值税专用发票

确保合理开具增值税专用发票，以降低增值税负担。注意避免虚开发票或发票不规范带来的法律风险。

享受财政扶持政策

注册企业到税收园区，享受税收奖励，包括增值税和所得税地方留存部分的奖励。一些园区提供的奖励比例高达70-90%。

利用税收洼地政策

在税收洼地注册企业或成立个人独资企业，享受低税率和税收优惠。例如，某些园区的个人独资企业个税核定税率可低至1.1%。

加强财务管理

建立完善的财务管理制度，确保每一笔收入和支出都有记录，避免税务风险，并进行定期税务自查。

选择合适的税收筹划机构

若企业自身难以进行复杂的税务筹划，可以寻求专业税务筹划机构的帮助，制定合适的节税方案。

这些方法可以帮助工程公司在合法合规的前提下，有效降低税负，提高企业经济效益。建议企业根据自身实际情况，选择最适合自己的节税策略，并注意遵守相关税法规定，避免任何形式的偷税漏税行为。