招投标工程款可以通过以下几种方式进行支付：

直接支付至承包人的指定账户：

发包人将工程款直接支付到承包人指定的银行账户，这种方式是最常见且有效的，有助于避免纠纷，并且付款和收款的凭证都可以通过银行查询记录来证实。

支付给承包人的有关人员：

发包人有时会将工程款直接支付给实际施工人，或者承包人的财务人员、现场负责人或其他被委托授权的人。这种情况下，应确保这些收款人员有合法的代理权，以免产生不必要的误解或纠纷。

支付给特定的第三方：

在合同履行过程中，发包人可能需要将部分工程款支付给第三方，例如材料供应商或设备租赁商。只要承包人认可或应当认可这种支付，这种支付方式同样具有法律效力。

按月结算与支付：

对于合同工期在两个年度以上的工程，可以实行按月支付进度款，竣工后清算。每月底，根据工程师确认的当月完成的有效工程量进行结算，年终进行工程盘点，办理年度结算。

分段结算与支付：

对于当年开工且当年不能竣工的工程，可以按照工程形象进度划分不同阶段进行结算。例如，可以划分为基础、结构、装饰、设备安装等阶段，每个阶段工程完工后，进行相应的结算。

竣工后一次结算：

对于工期较短的工程，可以在施工过程中分几次预支，竣工后一次性付清所有款项。

在选择具体的支付方式时，发包人和承包人应综合考虑工程的建设规模、工期长短、合同价款等因素，以确保支付过程顺畅且符合双方的利益。同时，无论采用哪种支付方式，都应确保有明确的合同依据和相应的支付凭证，以便在出现争议时能够有效解决。