工程材料发票抵扣的计算方法如下：

确认发票信息

企业购买工程材料时，需要向供应商索取正规的增值税发票。

确认发票上的开票日期、商品名称、金额等信息与实际购买情况一致。

确保发票符合国家税务部门的相关规定和法律法规的要求，否则可能导致抵扣失效或被税务机关处罚。

登记入账

将发票登记入账，并核对发票金额、税率等内容。

根据发票上标注的增值税税率和金额计算出应抵扣的增值税额，并在企业所得税申报表中进行相应的填写，实现增值税的抵扣。

计算抵扣额

工程税票抵扣的支出金额需要按照工程各项支出之和计算，并且要求超过不动产原值的50%。

具体计算公式为：抵扣额 = 工程总价 × 材料费比例 × 税率。例如，如果工程总价为56万元，其中63%是材料费，材料费发票的税率为9%，则抵扣额为56万 × 63% × 9% = 3.4568万元。

进项税额的填写与审核

将进项税额填入税务申报表，经税务机关审核通过后，即可实现抵扣。

注意事项

抵扣的计算需要考虑其他因素，如购进建筑材料的数量、单价等。

企业需要建立完善的财务管理制度，确保购进建筑材料的数量、单价等信息准确无误，以便正确计算抵扣税额。

特定情况下的抵扣

纳税人购进货物或应税劳务，从销货方取得增值税专用发票抵扣联上注明的增值税税款可以进行抵扣。

购进免税农产品、废旧物资等特定情况下的进项税额也可以按照一定比例进行抵扣。

通过以上步骤和注意事项，企业可以正确计算工程材料发票的抵扣额，并确保合规操作。