工程发生变更时，应按照以下步骤进行处理：

提出工程变更申请

施工单位应提出工程变更申请报告，并填报变更原因、相关图纸和变更工程量和造价等信息。

审查与评估

总监理工程师组织专业监理工程师审查施工单位提出的工程变更申请，并提出审查意见。

对涉及工程设计文件修改的工程变更，应由建设单位转交原设计单位修改工程设计文件。必要时，项目监理机构应建议建设单位组织设计、施工等单位召开论证工程设计文件的修改方案的专题会议。

总监理工程师根据实际情况、工程变更文件和其他有关资料，对工程变更费用及工期影响作出评估。

协商确定变更费用及工期变化

总监理工程师组织建设单位、施工单位等共同协商确定工程变更费用及工期变化，并会签工程变更单。

工程变更单应符合相关表格的格式要求。

审批与执行

项目监理机构处理工程变更应符合建设单位的授权，并在7~15天内完成批复，以确保工程进度不受影响。

工程变更得到批准后，监理根据复批文件下达工程变更的指令，承包人按照变更指令及变更文件要求进行施工，并相应地调整工程费用。

记录与争议解决

承包商必须按照变更指令及变更文件要求进行施工，并对工程变更进行完整记录，包括相关照片和工程师签字，为可能的索赔做好准备。

若承包商对工程变更持有异议，应在7天内向监理公司提交争议问题，以便协商解决。

费用结算

建设单位与施工单位未能就工程变更费用达成协议时，项目监理机构可提出一个暂定价格并经建设单位同意，作为临时支付工程款的依据。最终结算时，应以双方达成的协议为依据。

通过以上步骤，可以确保工程变更过程规范、透明，并有效控制工程成本和质量。