在建工程扣款的入账方式主要涉及以下几个方面：
工程质量罚款
当总包工程在支付工程款项时，若扣除了一部分罚款，则应遵循收支两条线原则进行记账。
具体账务处理为：借记“银行存款”，贷记“工程施工”。
工程进度扣款
企业收到工程进度款时，会计分录为：借记“银行存款”，贷记“工程结算”。
工程结算的账务处理包括根据建造合同约定向业主办理结算的累计金额，以及合同完工时对冲“工程施工”和“工程结算”科目的余额。
在建工程领用物资
当在建工程领用工程物资时，账务处理为：借记“在建工程”，贷记“工程物资”。
工程人工支出
发生工程人工支出时，账务处理为：借记“在建工程”，贷记“应付职工薪酬”。
在建工程借款利息费用资本化
计提利息时，借记“在建工程”，贷记“应付利息”。
支付利息时，借记“应付利息”，贷记“银行存款”。
在建工程完工
当在建工程完工时，账务处理为：借记“固定资产”，贷记“在建工程”。
设计费用
公司建厂工程设计费计入“在建工程—某某工厂”科目核算，支付时借记“在建工程—某某工厂”，贷记“银行存款”等科目，完工时借记“固定资产—某某工厂”，贷记“在建工程—某某工厂”。
综上所述，在建工程扣款的入账方式应根据具体情况选择合适的会计分录进行处理，确保账务处理的准确性和合规性。
