当工程转包亏本时，可以采取以下步骤进行赔偿：

财务与项目审查

首先应对转包的工程进行全面的财务与项目审查，明确亏损的具体原因及程度。这有助于了解亏损的根源，为后续的协商或诉讼提供依据。

协商沟通

根据合同约定及实际情况，与发包方及转包方进行沟通协商，探讨分担损失或调整合同条款的可能性。协商是解决纠纷的有效方式，双方应本着公平合理的原则进行处理。

法律途径

若协商无果，可以依据相关法律法规，如《民法典》及相关司法解释，搜集证据，准备法律文件，必要时向法院提起诉讼，主张相应的赔偿或权益。在诉讼过程中，要注意保护自身权益，避免过激行为或违法行为导致的不利后果。

其他补救措施

在处理赔偿事宜的同时，还可以考虑采取其他补救措施，如寻找新的合作伙伴、调整经营策略等，以减轻损失并恢复项目运营。

违法转包的连带责任

如果承包人非法转包工程项目，不仅需要承担合同违约责任，还可能需要承担连带赔偿责任。例如，如果因转包工程不符合质量标准造成损失，承包人与接受转包的单位应承担连带赔偿责任。

工人工资的清偿责任

对于因转包或违法分包导致的工人工资拖欠问题，建设单位或施工总承包企业应依法承担清偿责任。若建设单位或施工总承包企业未按合同约定及时划拨工程款，导致分包企业拖欠农民工工资，这些企业应以未结清的工程款为限先行垫付农民工工资。

通过以上步骤，可以尽可能地减少工程转包带来的亏损，并维护各方的合法权益。在处理此类问题时，建议咨询专业律师，以确保自身权益得到最大程度的保护。