检查工程签证单真伪的方法如下：

理解签证的定义和范围

签证是施工过程中因各种原因导致合同内容变更的书面文件，需由相关方共同确认。

审查签证的合规性

签证程序是否合规，包括提出、审核、批准等环节，是否存在越权签证或事后补签。

签证内容是否与合同条款、施工图纸、设计变更通知单等相符，是否存在重复签证或虚假签证。

分析签证的真实性、合理性及关联性

审核工程签证单的真实性，结合施工、竣工图纸、隐蔽工程记录、监理、施工日志及现场影像等资料，通过实地察看和对比分析来验证。

审核签证内容的合理性，比对签证内容与现场实际情况、施工工序及相关规范，判定其是否存在矛盾或不合理的疑点。

分析签证形式的关联性，关注签证内容、时间、手续等方面与合同条款、施工内容资料的整体一致性。

现场核实

对签证单中涉及的内容进行现场核实，如在某道路修补项目中，通过抽芯取样核实并未敷设钢筋网，确定签证单为虚假。

与其他资料对比

将签证单与其他相同类型的签证进行对比，查看是否存在不一致之处。

仔细检查签证内容

伪造的签证通常比较粗糙，字迹模糊，签字潦草，印章不显明，甚至可能搞错签证页。

利用技术手段

对于电子签证，可以通过track&trace和mcs电脑系统查询签证信息，查看是否显示在系统中，并核对信息的准确性。

专业鉴别

可以亲自到签证机关请签证官员进行鉴别，或给大使馆打电话咨询。

通过上述方法，可以较为全面地检查工程签证单的真伪，确保签证内容的真实性和合规性。