工程结束后，合同的处理应遵循以下步骤和原则：
合同权利义务终止
当工程施工完成并通过竣工验收后，合同权利义务关系即告终止。
结算工程款项
根据《民法典》第五百五十七条的规定，合同权利义务终止不影响合同中结算和清理条款的效力。
如果已完成的建设工程质量合格，发包人应按照约定支付相应的工程价款。
履行后合同义务
合同终止后，当事人应遵循诚实信用原则，根据交易习惯履行通知、协助、保密等义务。
履行通知义务，及时将合同终止的情况通知对方。
履行协助义务，协助对方妥善处理与合同有关的事务。
履行保密义务，保守商业秘密和合同中约定的保密事项。
损失赔偿
如因发包方违约导致合同解除，发包人应赔偿施工单位因此造成的损失，包括实际损失和可得利益的损失。
其他善后工作
施工单位应妥善保护已完工程和已购材料、设备，并按发包人要求将自有机构设备和人员撤出施工场地。
发生的费用应由发包人支付。
从合同的处理
如果合同存在从合同，其权利义务关系也应一并终止。
合同解除
如果合同因一方严重违约或其他法律规定或双方约定的条件而解除，应遵循合同解除的程序，包括提出解除意向、协商善后处理、签署解除协议等。
以上步骤和原则应根据具体情况和合同条款进行适当调整。需要注意的是，合同终止后，双方仍有权依法追究对方的违约责任
