当工程签证不被认可时，可以采取以下步骤处理：

沟通和协商

首先尝试与甲方进行沟通，了解其拒绝签证的具体原因。可能是因为合同条款不明确、理解不一致或其他原因。通过沟通，双方可能能够就签证问题达成一致意见。

查阅合同

仔细检查合同中关于签证的条款，明确双方的权利和义务。如果合同中有明确规定签证的方式和程序，施工方应当按照约定执行。

征求法律意见

如果沟通无果，可以寻求专业律师的意见，了解自己的权益及可能的法律途径。律师可以提供专业的法律分析和建议，帮助制定合适的应对策略。

调解或仲裁

如果双方无法达成一致，可以考虑通过调解或仲裁解决纠纷。在合同中通常会约定争议解决的方式，如调解、仲裁或诉讼。根据合同约定，选择相应的途径解决问题。

诉讼

如果其他途径都无法解决问题，最后可以考虑通过法律途径解决纠纷，向法院提起诉讼。在诉讼过程中，法院会根据合同条款和相关法律规定，判断施工方是否应当按照约定方式签证，并作出相应的判决。

收集证据

在整个过程中，应收集和保留所有相关的证据，包括合同、施工图、现场照片、录音等，以备日后诉讼使用。

规范性审核

对签证内容及签证审批手续进行规范性审核，确保其合法性和合规性。特别是国有企业，应按照内控制度进行约定，避免审计风险。

现场工程量审核

对签证工程量进行现场丈量和核实，对签证项目的材料、施工措施和工程数量等逐一核对。对于无法推理估算的隐蔽工程量，进行取证计算，确保签证内容的真实性和有效性。

规定签证时限

建立签证时限规定，如每月或每周定期进行签证核对会审，及时办理审批流程，并做好签证台账，以确保签证的及时性。

通过以上步骤，可以有效地处理工程签证不被认可的问题，并维护各方的合法权益。