工程项目的咨询收费通常遵循以下几种方法：

按建设项目估算投资额分档计算

根据国家计委发布的《建设项目前期工作咨询收费暂行规定》（计价格1283号），工程咨询费用可以按建设项目的估算投资额分档计算。具体收费标准见相关附件。

按工程咨询工作所耗工日计算

若按估算投资额分档计算不便于计费，可以参照工日费用标准由工程咨询机构与委托方议定。但参照工日计算的收费额不得超过按估算投资额分档计费方式计算的收费额。

市场调节价

工程造价咨询单位提供的其他服务实行市场调节价，由双方协商议定。

累进制计取

某些情况下，工程咨询费用可以按累进制计取。例如，某施工图工程量清单及组价编制的建筑工程造价为3000万元，收费标准如下：

100万元×0.45%=0.45万元

（500-100）万元×0.4%=1.60万元

（1000-500）万元×0.35%=1.75万元

（3000-1000）万元×0.3%=6.00万元

合计收费=0.45+1.60+1.75+6.00=9.80万元。

综合法

全过程工程咨询服务酬金可在项目投资中列支，也可根据所包含的具体服务事项，通过项目投资中列支的投资咨询、招标代理、勘察、设计、监理、造价、项目管理等费用进行支付。全过程工程咨询服务酬金在项目投资中列支的，所对应的单项咨询服务费用不再列支。投资者或建设单位应当根据工程项目的规模和复杂程度，咨询服务的范围、内容和期限等与咨询单位确定服务酬金。

建议

明确项目类型和复杂程度：在选择工程咨询机构时，首先要明确项目的类型（如可行性研究、环境影响评价、节能评估等）和复杂程度，以便选择合适的收费方式和标准。

协商确定收费标准：具体收费标准应由工程咨询机构与委托方根据项目的实际情况协商确定，并可在政府指导价的基础上进行适当下浮。

注意额外费用：若咨询过程中涉及额外的工作量或需要使用工程咨询机构的专利、专有技术，应预先商定相关费用。

合同明确：所有费用和支付方式应在工程咨询合同中明确列明，以避免后期纠纷。