工程文件的分类整理方法如下：

设计文件

包括设计说明书、设计图纸、设计计算书、设计变更等。

施工文件

包括施工图纸、施工方案、施工组织设计、施工记录、施工签证等。

验收文件

包括验收报告、验收合格证、验收纪要等。

竣工文件

包括竣工报告、竣工图纸、竣工验收纪要等。

文件分类整理的建议

按文件类型分类

将文件按照不同的格式或形式进行分类，如图纸文件、合同文件、报告文件、会议记录等。

按工程阶段分类

将文件按照项目的不同阶段进行分类，如立项文件、设计文件、施工文件、验收文件等。每个阶段的文件可以再按照文件类型进行细分。

按责任主体分类

将文件按照项目内部的责任主体进行分类，如总包文件、分包文件、监理文件、业主文件等。可以根据项目组织结构进行分类。

按专业分类

将文件按照不同的专业进行分类，如土建文件、水电文件、暖通文件等。适用于复杂的工程项目，有利于专业协同和专业文件管理。

制定整理方案

在对文件进行整理前，需要先制定整理方案。方案应包括需要整理的文件种类、整理的阶段、谁来负责整理、整理的标准、整理的流程等。

整理文件

根据制定的整理方案，将文件逐一整理，分类、编号并记录在文件目录中。文件目录应包括文件的编号、名称、起始日期、存储位置、保管期限、备注等信息，以便于日后查找使用。

质量核查

整理完文件后，需要对整理结果进行质量核查，确保文件的准确性和完整性。

文件命名规范

制定统一的文件命名规范，包括文件名、版本号、日期等要素，以便于快速识别和查找。

文件存储与备份

建立文件存储和备份的系统，确保文件安全可靠。可以使用云存储和服务器存储相结合，实现文档共享和远程访问。

权限管理

根据文件的敏感性和保密性，对不同的文件设定相应的访问权限，确保只有授权人员能够访问和修改。

通过以上方法，可以有效地对工程文件进行分类整理，提高文件管理的效率和质量。