工程扣款应当在合法合规的前提下，根据合同约定和相关法律法规进行合理扣款。以下是几种常见的扣款方式及其合理性分析：

固定总价合同的分月支付

方式：每月均匀支付或根据施工需要不均匀支付，但通常预留10-15%的尾款在工程完工并办理相关手续后支付。

合理性：这种方式能够确保承包人按时收到款项，同时留出尾款作为工程质量和结算的保障。

按工作量支付

方式：承包人每月按合同约定上报已完工程量，经核实后按约定比例和时间支付，通常预留一定比例的预留款作为结算尾款。

合理性：这种方式能够根据实际施工进度进行支付，确保资金的有效利用，同时保留尾款以应对可能的工程变更或质量问题。

预付款的扣回

方式：从未施工工程尚需的主要材料及构件的价值相当于工程预付款数额时起扣，从每次结算工程价款中按材料比重扣抵工程价款，竣工前全部扣清。

合理性：这种方式能够确保预付款的有效利用，减少资金占用，同时确保工程按计划进行。

工程质保金的扣除

方式：工程质量保证金通常按照工程结算价款总额的一定比例计取，由发包人从承包人工程结算款中预留，扣除比例不得高于工程价款的3%。

合理性：质保金制度旨在保障工程质量，确保在质保期内出现质量问题时能够及时处理，扣除比例合法合规。

施工合同违约金的扣款

方式：按照实际造成的损失的上限为标准，当事人可以协商认定违约金，若约定的违约金低于造成的损失，可以请求增加。

合理性：违约金制度能够对违约方进行经济约束，确保合同的履行，同时避免因违约造成的损失扩大。

建议

明确合同条款：在签订工程合同时，应明确各种扣款方式的计算方法和比例，确保双方对扣款方式有清晰的认识和共识。

规范操作：在扣款过程中，应严格按照合同约定的程序和比例进行，确保扣款的合法性和公正性。

加强沟通：在扣款过程中，双方应保持良好的沟通，及时解决扣款过程中出现的问题，确保工程顺利进行。

通过以上方式，可以确保工程扣款的合理性和有效性，保障工程双方的利益。