工程企业主要需要缴纳的税种包括：
增值税
一般纳税人增值税税率为9%或13%（根据最新政策调整），小规模纳税人增值税税率为3%或1%（减按1%征收率）。
城市维护建设税
根据缴纳的增值税额计算，税率根据工程所在地的城乡类型不同分别为7%、5%或1%。
教育费附加和地方教育费附加
教育费附加的税率为增值税额的3%，地方教育费附加的税率为增值税额的2%。
企业所得税
按季度预交申报，年底汇算清缴，税率为25%。对于小微企业，年应纳税所得额不超过100万元的部分，减按25%计入应纳税所得额，并按20%的税率缴纳企业所得税；年应纳税所得额超过100万元的部分正常缴纳企业所得税。
印花税
根据不同类型合同，税率不同，例如财产租赁合同、仓储保管合同、财产保险合同的税率为千分之一；加工承揽合同、建设工程勘察设计合同、货运运输合同、产权转移书据的税率为万分之五。
个人所得税
个人承包工程的需要交个人所得税，如果是企业承包的需要交企业所得税。
房产税
出租房屋的，按租金收入的12%，自用的按房屋原值扣除一定比例后按1.2%。
城镇土地使用税
按实际占用土地面积计算，税率根据地区不同。
其他税种
包括资源税、土地增值税、契税等。
建议工程企业在实际操作中，及时了解和遵守相关税收法规，合理进行税务筹划，以降低企业成本费用，增强企业竞争力。
