工程菌种用途分类主要包括以下几个方面：

医药领域

工程菌在医药领域的应用主要分为诊断和治疗两部分。在治疗方面，工程菌可分为体内治疗和体外治疗两种方式。体内治疗是通过基因编辑选择性杀死细菌，而体外治疗则是以细菌作为载体把药物运输到特定位置以达到治疗目的。

食品领域

工程菌在食品领域可以作为膳食补充剂开发的益生菌。例如，2020年我国益生菌产业规模在1250亿元左右，市场保持高速增长态势，益生菌潜在应用场景丰富，但目前主要应用在乳制品领域。

能源领域

工程菌在能源领域的应用主要体现在生物燃料的生产上，例如利用工程菌进行生物质转化，生产生物柴油、生物气体等。

化工领域

工程菌在化工领域的应用包括生产化学品、生物塑料、生物材料等。通过基因工程改造，工程菌可以高效生产各种化工原料和产品。

农业领域

工程菌在农业领域的应用包括生物农药、生物肥料、植物生长促进剂等。例如，利用工程菌制备生物农药可以替代部分化学农药，减少对环境的污染。

污水处理领域

污水处理菌种一般可分为硝化菌种、反硝化菌种和硝化反硝化复合菌种。硝化菌种包括好氧性细菌如硝酸菌和亚硝酸菌，主要作用是去除氨氮和降解部分COD；反硝化菌种多为异养、兼性厌氧细菌，能将硝态氮转化为氮气；硝化反硝化复合菌种则具有硝化和反硝化双重效果，能够根据实际水质调节菌种平衡，提高污水处理效果。

环境监测与治理领域

极端菌在环境监测与治理领域的应用，例如用于处理含有高浓度有机物和重金属的废水。极端菌能够在高温、高压、酸性、碱性等极端环境下生长，具有独特的降解能力。

这些分类展示了工程菌种在不同领域的广泛应用和潜在价值。随着生物技术的不断发展，工程菌种的应用前景将更加广阔。